Suzume, 17 tahun, kehilangan ibunya saat masih kecil. Dalam perjalanan ke sekolah, ia bertemu dengan seorang pemuda misterius. Namun rasa ingin tahunya memicu malapetaka yang membahayakan seluruh penduduk Jepang, sehingga Suzume memulai perjalanan untuk memperbaiki keadaan.