Ulang tahun ke-14 Anna Akechi berubah menjadi perjalanan yang mustahil. Setelah bertemu peri misterius, ia terlempar dari tahun 2027 menuju 1999. Di masa tersebut, Anna berkenalan dengan Mikuru, gadis penuh semangat yang bercita-cita menjadi detektif.
Ketika serangkaian pencurian menggemparkan kota dan nama Phantom Thieves mulai diperbincangkan, Anna serta Mikuru memperoleh kekuatan untuk berubah menjadi Detective Precure. Dengan memadukan keberanian, ketelitian, dan persahabatan, mereka memburu petunjuk di balik setiap kasus. Namun, misteri terbesar yang harus dipecahkan bukanlah identitas pencuri, melainkan alasan Anna dikirim ke masa lalu.
